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                         新生儿遗传病基因筛查




        据估计,我国出生缺陷总发生率约为5.6%,以全国年出生数1600万计算,每年新增出生缺陷约90万例,其中出生时临床明显可见的出生缺陷约25万例。出生缺陷严重危害儿童生存和生活质量,直接影响家庭幸福和谐,也会造成巨大的社会经济负担。因此,出生缺陷防治历来受到我国政府的高度重视。根据世界卫生组织(WHO) 提出的针对孕前、孕期、新生儿出生后的“三级预防”策略,我国各级卫生部门正大力推进各项预防与筛查工作,其中作为第三级预防的新生儿出生缺陷筛查工作中,先天性甲状腺功能减低症、苯丙酮尿症等遗传代谢性疾病和听力障碍筛查等获得广泛推广,新生儿疾病筛查率和治疗率不断提高,部分地区已将先天性心脏病、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症、先天性肾上腺皮质增生症等病种纳入新生儿疾病筛查范围。

        目前新生儿出生缺陷筛查体系覆盖的疾病有限,每种疾病需要采用不同的检测体系,从而增加筛查的复杂度,影响筛查效率。鉴于绝大部分重大出生缺陷都有明确的致病基因,个体基因通常不会随着环境变化而变化,通过基因的突变检测不仅可实现更为准确的定性判定,并且对于晚发的出生缺陷疾病也能准确预测。随着新一代高通量测序技术的出现,单个检测体系可实现数百个疾病基因的快速检测,因此,针对新生儿出生缺陷的基因筛查,一方面可与目前新生儿出生缺陷常规筛查相互验证提高检出率和准确性,同时也可弥补后者筛查病种有限以及无法筛查晚发疾病的不足,从而有望成为未来出生缺陷筛查的又一主力手段,实现更多新生儿遗传疾病的早发现,早预防,早治疗!

        本产品是一项针对新生儿开发的新生儿重大遗传缺陷筛查产品,天昊诊断针对最为常见的严重危害新生儿健康或环境诱导致死高风险的21种隐性遗传病相关的27个基因以及儿童先天发育异常/智力发育迟缓/自闭症相关的200多个染色体核心区段,基于自主多项核心专利技术开发而成的高性价比、高检出率的基因突变和染色体微缺失微重复突变筛查体系,除了FMR1 基因主要进行CGG重复数检测,其它26个基因均进行基因编码区点突变和外显子缺失重复突变检测,F8 基因还进行内含子22以及内含子1倒位突变检测,预计每个基因的致病突变检测率均达到95%以上,已知致病高风险的染色体微缺失微重复突变检出率为90%以上。


参考文献:
1. 罗家有. 我国出生缺陷干预的现状与发展趋势[J]. 实用预防医学, 2005, 12(2): 458-460.
2. Bell C J, Dinwiddie D L, Miller N A, et al. Carrier testing for severe childhood recessive diseases by next-generation sequencing[J]. Science translational medicine, 2011, 3(65): 65ra4-65ra4.
3. Mamanova L, Coffey A J, Scott C E, et al. Target-enrichment strategies for next-generation sequencing[J]. Nature methods, 2010, 7(2): 111-118.



        本项检测由多个基因突变检测体系组合而成,针对不同的基因突变方式采用不同的检测技术,具体目标疾病名称、检测基因、检测方法以及预期阳性检出信息见下表。

        对于基因点突变的检测,先采用天昊诊断自主研发的FastTarget™ 高通量多重PCR扩增富集技术对基因启动子区、5 UTR、编码区、转录终止区、内含子剪切点附近8bp以及有文献报道或数据库记录的已知突变(至少2次)的不属于上述区域的序列进行富集,富集产物采用二代测序仪Illumina MiSeq或NextSeq 500进行测序突变分析, 任何一个目的片段的测序深度至少达到20X。对于二代测序发现的低频(MAF<1%)未知突变位点均采用一代测序验证。FastTarget™高通量多重PCR扩增富集技术是在常规多重PCR技术基础上优化开发,通常可对50-100个片段实现有效扩增。

        对于基因外显子的缺失重复突变检测,采用天昊诊断核心专利技术CNVplex®高通量基因拷贝数检测技术,针对基因上游10kb以及每个外显子设计探针,每个外显子至少包含2个探针以提高检测结果的准确性。

        对于基因倒位突变的检测,采用天昊诊断最新研发成功的专利技术——AQ-PLP™倒位突变快速检测技术。在本项检测中,该技术被应用于对F8基因22号内含子以及1号内含子倒位突变的同时快速检测,最快可在8小时之内得出结果,对于嵌合体也可实现有效检测。

       对于FMR1的CGG重复数检测,采用美国进口Asuragen公司的AmplideX™ FMR1 PCR试剂盒进行,该检测体系可以方便、快速、准确检测出高达200重以上的CGG 重复数,从而对新生儿的疾病状况给出科学预测。

       染色体微缺失微重复突变检测,采用CNVplex®高通量基因拷贝数检测技术,由8个CNVplex®反应体系组成,主要针对200多个核心区域设计探针,预计可对90%以上的致病高风险的染色体微缺失微重复突变实现检测。这些核心区域是通过对ISCA数据库明确或可能的致病CNV数据进行统计归类分组,并结合DECIPHER整理的和文献报道的各类综合征核心区域信息后确定,更多详细信息请参考检测编号为D04T1006的染色体微缺失微重复突变检测检测项目介绍。

       对于初步判定阳性结果的样本,本检测还对患儿父母进行突变来源验证,以帮助对检测突变的致病性给出合理评估。


 新生儿脐带:
♦ 从手术获取的脐带样本中挑选50-200mg组织(黄豆大小)并用生理盐水清洗干净,尽可能去除孕妇血液以及子宫/生殖道脱落细胞的污染;
♦ 清洗后干净组织放入无菌含1mL保存液的1.5-2mL离心管中,2-8℃可存放1周,更长时间采用-20℃保存;
♦ 运输时需用泡沫箱加冰袋密封,运输途中避免暴晒且时限不超过72小时。

 足跟血:
♢ 至少采集3块直径>8mm的血片,室温下自然干燥4小时;
♢ 晾干血卡 用干净塑料袋或小盒装好后72小时之内常温运输至实验室;
♢ 如果不能及时送检,可将其放置冰箱于2℃-8℃保存,7天内送检,若长期保存可-20℃冻存。

 外周血:
♦ 用EDTA或枸橼酸钠抗凝管(避免用肝素抗凝管)采集至少1mL外周血;
♦ 2-8℃可存放1周,更长时间采用-20℃保存;
♦ 运输时需用泡沫箱加冰袋密封,运输途中避免暴晒且时限不超过72小时。







 本项检测设计针对可能影响基因功能的多个区域进行突变筛查,并采用多重技术平台对不同的突变形式进行检测,从而保证高突变检出率。
 本项检测还包括90%以上染色体拷贝数异常或染色体微缺失微重复突变的检测,能够对CNV相关的先天性多系统发育异常和智力发育迟缓给出预测。
 本项检测设计采用公司多项自主创新技术,不仅提高检测准确性和突变检出率,而且有效控制检测成本,为大规模普通人群筛查创造了条件。
 对于脆性X染色体相关FMR1基因CGG重复数的检测采用国际进口试剂检测,保证检测的高效和CGG重复数的准确检测。
 检测过程引入公司专利保护的基因检测分子内标质控体系,有效避免检测过程中由于多步骤操作造成样本混淆造成的结果错误风险!
 突变的致病性解读由从事医学遗传学研究15年之久的千人计划专家姜正文博士带领的团队负责,保证检测结果的遗传学解释的专业性和科学性!










备注:
1 )A1DS,A2DS及A3DS分别为A1,A2及A3重复邻近特异序列
2 )INT1H-1和 INT1H-2分别为内含子1同源区域1和同源序列2附近特异序列
3 ) F 8 Inv22/Inv1 AQ-PLP™检测结果与基因型的相关性

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