基于家系的基因定位
1. Linkage分析(Linkage软件包，GeneHunter软件包，Merlin软件包)；
2. 单倍型推断；
3. TDT分析(TDT, S-TDT E-TDT, etc)；
4. FBAT(基于家系的相关分析)。
基于CASE-CONTROL或者基于群体的相关分析
1. 单位点分析(Chisquare检验，Logistic回归，Bayes分析,等等)；
2. LD和Hardy Weinberg平衡；
3. 单倍型推断；
4. 单倍型分析(包括Haplotype Trend回归)；
5. 群体样本中包含家系的分析；
6. Genome-wide Association(包括多重检验校正)；
7. 基于多次测量的分析。
其它
   1. 样本量计算-POWER analysis
   2. 基因芯片数据分析
   3. 系统发生树构建
   4. 群体亚结构检测和相关分析校正(Genome Control)
   5. 群体遗传学方面：群体参数计算，组成分分析，MDS,等等