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1、请问DNA测序峰图中如果是杂合子的话是不是在某个位点有重叠峰?该位点是不是应该有2个碱基?
测序图谱中的杂合子确实应该有两个叠峰,并且峰高接近1:1,该位点应该有两种碱基 例如表示为A/G, 但是你要注意分辨杂合子和杂峰的区别,如果测序结果不理想,背景信号比较高,也可能出现叠峰,但是高度肯定远远低于1:1。
2、人的RNaseP基因拷贝数是多少?是2吗?还有其它的基因可以做内参吗?
RNaseP基因拷贝数为2,也是ABI公司CNV试剂盒确定的内参基因,理论上其他基因只要在数据库中拷贝数为2个拷贝,并且没有多态的,都可以成为内参基因。
3、样本量在400份时做2个基因的SNP位点(各2个,共4个)及一个基因的突变位点(2个),用普通的Taqman探针来做这个是否可以?如果做的话存在什么问题?
400个样本使用taqman探针方法实验,成本太高,不合算。而且基因突变的频率比较低,使用taqman方法,会导致3种基因型最后3堆点有2堆几乎没有样本,因此无法进行聚类分析从而实验失败。
4、实验中发现某个蛋白在某个疾病中增高,如何确定这个蛋白的相关基因是否在病人中有突变?
蛋白增高可能是突变造成的,也可能是甲基化等表观遗传学造成的,还可能是microRNA的调控造成的,应该在这三方面进行实验确认蛋白的变化是由何种因素引起。这样的实验在细胞学和病人组织水平上应该同时进行。
5、全基因组扩增无质控的标准怎样的?检验全扩是否均匀?
全基因组扩增的质控标准如下:1、采用阴性对照和阳性对照;2、对扩增产物进行PCR检验,确保扩增产物可以进行PCR;3、保证扩增后DNA的量在1ug以上。
使用全基因组扩增试剂盒扩增后无需进行纯化即可使用,不过全扩后的DNA只适合于SNP,STR和测序研究, 不适合进行甲基化或者CNV的研究。
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